1982年成立塔爾寺文獻研究室，1983年改稱塔爾寺藏族歷史文獻研究所，與本院民族宗教研究所合署辦公，1987年分署改為現(xiàn)稱。歷任所長：陳慶英、何峰、馬林；歷任副所長：張?zhí)镉?、何峰?，F(xiàn)任所長馬林。現(xiàn)有研究人員5名，其中研究員2人、助理研究員3人。
該所主要研究藏族歷史和現(xiàn)實有關(guān)重大問題。主要研究方向：一是藏族歷史文獻研究，即古藏文文獻、藏傳佛教典籍的整理、翻譯、研究；二是藏族歷史研究，主要是藏族斷代史、重要歷史人物和重大歷史事件、藏族與周邊民族關(guān)系史、以及中央政權(quán)與各藏族地方政權(quán)關(guān)系史等；三是藏族經(jīng)濟社會發(fā)展研究：包括運用文獻資料和社會歷史調(diào)查資料研究歷史上的藏族社會形態(tài)、社會制度等，以及各藏族聚居區(qū)經(jīng)濟社會發(fā)展中有關(guān)政治、經(jīng)濟、文化等的重大現(xiàn)實問題研究等；四是藏族語言文學(xué)，即研究藏文語法、修辭、藏語文的規(guī)范化以及藏族民間文學(xué)和古典文學(xué)；五是藏族宗教信仰，即研究藏傳佛教、藏族民間信仰及其與藏族社會的關(guān)系等。
至2010年共出版專著、譯著、工具書、古籍整理等45部，發(fā)表論文、研究報告312篇，譯文等35篇。主要專著有《蒙藏民族關(guān)系史略》、《塔爾寺概況》、《元朝帝師八思巴》、《青海藏傳佛教寺院碑文集釋》、《中國藏族部落》、《藏族部落制度研究》、《果洛藏族族社會》、《〈格薩爾〉與藏族部落》、《歷輩班禪年譜》、《藏傳佛教與藏族社會》、《佛學(xué)基礎(chǔ)原理》(藏文)、《歷史的神奇與神奇的歷史—五世達賴?yán)飩鳌?、《藏族生態(tài)文化》《歷輩達賴?yán)镄蜗髿v史》、《傳統(tǒng)與變遷－藏族傳統(tǒng)文化的歷史演進及其現(xiàn)代化變遷模式》、《角斯部落發(fā)展史》（藏文）《村落·信仰·儀式—河湟流域藏族民間信仰文化研究》等；主要譯著有《漢藏史集》、《三世、四世達賴?yán)飩鳌?、《五世達賴?yán)飩鳌?、《章嘉若必多杰傳》、《東噶佛學(xué)大辭典·歷史人物類》、《夏瓊寺志》、《文藝復(fù)興時期的三大偉人》、《世界風(fēng)貌》、《話說地球》，主編《藏族歷代文學(xué)作品選》(藏文)、《當(dāng)代藏族研究生論文精選》、《熱貢寧瑪派教派史》（藏文）等。
建所至今，共承擔(dān)國家社科基金課題6項，國家青年社科基金課題4項，青海省社科規(guī)劃課題5項，委托課題6項。該所“九五”期間的主要研究課題有“青海藏區(qū)畜牧業(yè)經(jīng)濟研究”、“玉樹藏族社會研究”、“果洛藏族婚姻家庭研究”、“青海藏族婦女”、“藏族民間信仰文化與精神文明建設(shè)”、“本教研究”等。近10年承擔(dān)和完成的主要研究項目有國家社科基金課題“藏族生態(tài)文化研究”、“青藏鐵路沿線藏區(qū)人文環(huán)境評估”、“歷輩達賴與中央政府的關(guān)系研究”“元明清時期藏傳佛教與國家政治及各級政權(quán)的政教關(guān)系的歷史與特點研究”等，國務(wù)院僑務(wù)辦公室委托課題“華人、華僑藏胞現(xiàn)狀與僑務(wù)工作的關(guān)系”、“青海省涉藏僑情研究報告”，香港科技大學(xué)委托課題“青海省異地扶貧研究”等。共有25項成果獲省部級以上獎勵，其中何峰、余中水撰寫的《中國藏族宗教信仰與人權(quán)》、蒲文成、何峰、穆興天撰寫的《十世班禪大師的愛國思想》獲中宣部科“五個一工程”入選作品獎，陳慶英主編的《中國藏族部落》獲青海省哲學(xué)社會科學(xué)優(yōu)秀成果一等獎。另獲省部級優(yōu)秀科研成果榮譽獎1項、二等獎5項、三等獎12項、鼓勵獎5項。
該所研究人員曾參加“91北京國際藏學(xué)研討會”、“第四屆《格薩爾》國際學(xué)術(shù)討論會”、“海峽兩岸中國江河之源與中華民族發(fā)展學(xué)術(shù)討論會”、“97北京國際藏學(xué)研討會”、“首屆鄧小平理論研討會”、“首屆康藏文化國際學(xué)術(shù)研討會”、“21世紀(jì)安多藏族文化發(fā)展學(xué)術(shù)研討會”、“全國首屆藏學(xué)研究與對外宣傳西藏”等大型學(xué)術(shù)會議。前任所長陳慶英還曾赴日本等國進行學(xué)術(shù)交流?，F(xiàn)任所長馬林于2008年6月參加國務(wù)院新聞辦公室組織的“中國藏學(xué)家代表團”出訪德國、比利時和歐盟。
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